单细胞时空转录一组

动：loom file。

Step4 运转 scVelo

这一步，我们可用scVelo 来丧失和GIS RNA 速度快。scVelo是一个可扩展的工具包，能够能用剪接声学透过 RNA 速度快分析作法。

4.1 浏览可用副本

运转scVelo必须要上去两步生成的副本。但是，如果您一心跳到上去的两步，也可以从这里浏览所须要的可用副本：

Filtered feature-barcode matrix .loom file: spliced/unspliced counts from velocyto Neutrophil Clusters exported from Loupe Browser Neutrophil UMAP exported from Loupe Browser

您还可以可用curl立即将副本浏览到您的咨询服务器：

比如说的立即将创建一个名为input-files的录入，浏览本基本知识所须要的副本，并将副本解压缩到该录入里。在比如说的两步里，我们将参考该录入的逆时针来赢取可用副本。

4.2 挡住jupyter notebook并新增库

我们建议可用Jupyter Notebook透过后续的操作者，您可以在其里交互式地探索变量和数据集。

可用一般而言立即挡住notebook：

然后，您可以将比如说的字符串块解码并粘贴到您的notebook透过分析作法。在意味著会话里新增所须要的包：

Note：如果您运转比如说的部份来新增包并发出警告消息，例如“ModuleNotFoundError: No module named 'loompy'”，这意味着这些库没有安装。请注意比如说的“Step 2 正要 conda 生存环境”以赢取有关如何在具有yml副本的生存环境里安装这些包的说明。如果 conda能够正常运转，可以运转比如说的line以可用意味著版本的pip安装程序,手动安装 Python 库：

我们还可以通过变更加GIS设为来自定义插图颜色和大小：

4.3 新增行列式

紧接著，将 Cell Ranger 处理过程后的蛋白质表述行列式新增scVelo.

Neutro3p将驱动比如说的内容：

Note：如果您可用 Seurat 处理过程行列式，则可以可用Neutro3p = scv.readloom("./Neutro3pSeurat.loom")从 Seurat 加载.loom驱动。本简要副标题的替代两步部份透过了更加多详细接收者。

4.4 新增战略性和透视

紧接著，从 Loupe Browser 新增战略性和 UMAP 比如说（Step 1），以便我们在 scVelo 里制作插图时可以可用这些接收者。

Neutro3p实例现在包括除此以外接收者：

4.5 新增堆砌/未能堆砌counts

scVelo 必须要在Step 3 里可用velocyto赢取未能堆砌和堆砌的核苷酸本接收者。现在，我们将读取velocyto驱动并将这些counts合并到Neutro3p实例里。

4.6 运转速度快分析作法

加载所有必须要的接收者后，我们可以处理数据集集并赢取每个模两组格的潜在短时间值。

4.7 GIS

分析作法完成后，我们可以可用多种不同型式的图来GIS速度快结果。

(1) 我们可以GIS UMAP 比如说里的速度快，并通过从 Loupe Browser 假定的战略性分配为模两组着色：

(2) 我们还可以通过潜伏期GIS UMAP 比如说的速度快。潜伏短时间代表细胞核的实质上计时，近似于细胞核分化时经历的确实短时间。

(3) 我们可以可用低音提琴图来GIS每个战略性的潜在短时间。结果与我们在比如说两个图里观察到的原则上。

(4) 由于我们分析作法的是里性红细胞核，因此，我们可用了在里性红细胞核萌芽过程里相似之处表述的蛋白质列表。我们绘制了这些蛋白质在每个细胞核里的表述，并按照它们的潜伏短时间排序。

在比如说的热图里，细胞核按潜伏短时间排序（顶部栏，右侧为较重新细胞核）。未能萌芽的里性红细胞核上标蛋白质，例如 LTF 和 LCN2，在具有较早潜伏短时间的细胞核里具有较高的表述技术水平（黄色）。这指出我们的里性红细胞核里的核苷酸声学与以前印刷品里的观察结果原则上。

替代两步（可用 Seurat）

如果您仍未在 Seurat 里透过过分析作法，您还可以将您的 Seruat 实例新增到抛物线分析作法里。比如说我们将描述如何从 R 里假定 Seurat 实例，然后将其新增 Python 透过速度快分析作法。

断言 R 仍未安装，并且standard Seurat processing已完成。您可以可用 R 里的一般而言变量将 Seurat 实例保存为.loom副本：

然后可以可用scv.read_loom变量（替换成sc.read_10x_mtx）将该 Seurat loom 副本加载到 scVelo 里，如比如说的两步 4.3 所示。

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