朋友们围观单细胞技术红利

执笔：芒果 举例：文静谈天科研平台的“ i生信 ”社会公众号，微信社会公众号搜寻“ i生信 ”只需瞩目/扫描瞩目见文末

惊闻隔壁个头师兄的国自然地小剧场从未新增到最终篇了（国自然地单项申请，有很多人死在这个原因上……），芒果掐指一算，助力生信文章写作系列推文居然也已同频新增2个月了，此处将台下送给羁绊和我自己~~

前情提要：上周我们介绍了相异于bulk图表的单肝细胞生信量化的概述（单肝细胞核酸的生信量化，每一步都可以申请课题！），主要介绍了基于单肝细胞新科技的科学研究目的是什么？单肝细胞可以产生哪些图表？规范单肝细胞核糖体组变为员科学研究可以开展哪些生信量化？为什么要认真单肝细胞？

本期看点：规范单肝细胞核糖体组变为员科学研究的系统性解析

文章篇名：Integrated single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneity of esophageal squamous cell carcinoma microenvironment。

这篇文章科学研究目的是什么？

基于单肝细胞核糖体组变为员图表探究腹腔鳞癌骨髓微环境的许多人注意，确认有预后价值和潜在生物学普遍性的特定肝细胞类大群。

这篇文章所用图表是什么？

11名腹腔鳞癌患者的血液、癌旁及骨髓样本

这篇文章用了哪些生信量化的法则？

第一步：对降维聚类得到的cluster开展总肝细胞大群确认。作者根据已知的肝细胞类型标记开展了肝细胞大群确认，将聚类得到的cluster确认为血管壁、髓系肝细胞、肥大肝细胞、T肝细胞和B肝细胞、变为纤维肝细胞、平滑肌肝细胞和内皮肝细胞。

编者按：基于bulk图表的量化，我们仅能根据整体表型具体情况去可推测可能的肝细胞组变为员变为，但是因为样本间的许多人注意以及DFT口部的歧异，所可推测的结果可能长期存在偏差。

第二步：总肝细胞大群很高度的量化。基于肝细胞大群占比量化，作者辨认出，骨髓肝细胞起源的血管壁在骨髓举例样本中所的占比更很高。

编者按：你要的基本肝细胞大群就可以基于肝细胞大群占比这一步量化来认真筛选。

第三步：对单一肝细胞大群所对应的肝细胞亚大群开展确认，并开展肝细胞亚大群很高度的量化。为了更好地理解腹腔鳞癌中所的变为纤维肝细胞多样性，作者对上述确认到的变为纤维肝细胞开展了二次确认，并确定了7个亚大群，其中所F_3亚大群在骨髓中所显著非金属。鉴于变为纤维肝细胞关键的功能之一是通过分泌分子构造重塑ECM来刻划组变为员织构造，作者探究了每个亚大群的特异表达突变，结果辨认出相异的亚大群表达相异的肝细胞外基质(ECM)抗原。

为了有利于了解变为纤维肝细胞相异亚大群的功能，作者对每个亚大群的歧异表达突变开展了功能非金属量化，进而根据特异表型具体情况及非金属结果可推测F_3亚大群代表抑制的肌变为纤维肝细胞。而肌变为纤维肝细胞已被断定可以通过各种途径作出贡献癌症的发展和进展，所以F_3亚大群是更许多人瞩目的一类肝细胞大群。

基于突变的特异表达具体情况，作者确定CST1为不可忽视的F_3亚大群甲基化且骨髓甲基化突变。基于bulk图表再次断定CST1+肌变为纤维肝细胞的丰度更很高与较短的总生存期和无病生存期密切相关。此外，多各种因素Cox复归量化辨认出CST1+肌变为纤维肝细胞是ESCC患者的独立预后标志物。

编者按：你要的基本肝细胞大群可能是通过哪个主角突变展现功能的原因至此也彻底解决了。

编者按：随着10X Genomics等新科技的出现，2015年开始单肝细胞新科技带入商品化，2018年单肝细胞核糖体组变为员被science评为度突破新科技。随着新科技方法的变为熟，单肝细胞新科技的实验变为本从未一降再降，而核酸投票率的降低，则使得新科技的可及性愈发广泛，正是非旧时王谢堂前燕,盘旋寻常百姓家。与此同时，基于单肝细胞新科技的科学学术研究也纷至沓来，而在新科技变革的现代，多种不同上述系统性中所以探究疾病微环境的许多人注意为切入点的科学研究也可以发很很低分，因为有能够的创新性，这就是是非的单肝细胞新科技红利。上半年到现在，纯粹的新科技红利在慢慢减少，仅在新的科学研究一段距离或相对来说小众科学研究一段距离还可以只不过依靠单肝细胞来撑起一篇文章，在热点科学研究领域（如骨髓类科学研究），单肝细胞部分的结果常用来作为辨认出原因或者有效性结论的方法。所以我们下一个系列的主题是单肝细胞图表与bulk图表的联合量化。

译者文档：

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